济南军区总医院是一所集医、教、研、预防、保健于一体的现代化综合性“三级甲等医院”，展开床位2000余张，设临床、医技科室58个。
医院现有6个全军医学专科(专病)中心，即神经内科中心、神经外科中心、小儿心脏外科中心、创伤骨科中心、肝硬化诊治中心、肾移植与透析治疗中心；5个国家(军队)基地，即国家药物临床试验基地，“军队冠心病介入诊疗培训基地”、“中华医学会显微外科技术培训基地”、“中华医学会消化内镜医师培训中心山东基地”、“全军血液净化专科护理培训基地”。医院是全军计划生育优生优育技术中心。6个军区医学研究所，包括心脏病、肾脏病、骨科、神经医学、肿瘤学、医学影像等研究所;另有10个军区中心，即消化内科、医学检验、心脏外科、妇科、眼科、口腔科、心血管内科、烧伤整形外科中心和血液中心、远程会诊中心。
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